在柯慎利用岩忍制造出的沟壑地形使得岩忍分散并且使用大量起爆符引起山崩, 将大量岩忍埋葬在石块下之后, 岩忍开始有退去的趋势，于是柯慎开始放松他们，因为已经可以预料到岩隐村向木叶投降, 那么就不妨卖个人情，使得接下来的谈判轻松一点。与此同时, 在与云隐村的战斗中获胜的雾隐村开始筹备对木叶的战争。由于柯慎和柱间都还滞留在风之国战场，所以对付雾隐村的任务就落在了扉间身上。
但是村子里是不能没有掌权人的, 所以扉间指定了宇智波枫作为驻守木叶的人。宇智波枫是木叶中实力排第五的人, 虽然政见不合，但是不得不说宇智波枫是最适合的人选。说到这里，还要提到另一件事：在木叶建立初期, 千手族提议让宇智波巡逻队成为木叶的警备队, 但是被巡逻队队长宇智波枫给拒绝了。这个看似给宇智波充分信任与权利的安排，实际上是在缓慢地瓦解宇智波。警备队与监狱直接挂钩, 实际上是把宇智波排斥到权利的边缘, 并且总是负责逮捕、审讯、看守、解决纠纷之类的事情，会增加宇智波身上的仇恨，长期以后宇智波就会被孤立。
宇智波枫想到的只是这里而已，然而听了报告的柯慎却想得更加长远。被孤立的后果就是宇智波的暴动。宇智波不是个安分守己忍族，并且如今是木叶中实质的掌权人, 被挤出权利中心会非常不满，最终引起政变——柯慎可不认为到了那个时候，宇智波的政变会成功。不过反正宇智波枫已经拒绝了, 柯慎就没有去管。
木叶3年9月中旬的时候，木叶与雾隐村的战争脱离了小打小闹的试探接触期，而风之国战场则在岩忍逐渐退去的情况下显露出了胜利的影子，于是柯慎在扉间的建议下抽调了风之国战场的忍者前往水之国战场。由于水之国多水的环境，抽调去的主要是水、雷属性的忍者。水之国是非常适合千手族的战场，而猪鹿蝶的能力对环境的要求不大，如不是因为雾隐村从云隐村那里得到了大量物资而实力大增，可以打消耗战的话，千手也不会要求宇智波调人过来的。
由于木叶拒绝了成为火之国的附属，所以比起其他四国的忍村，木叶在物资方面有着明显的弱势，对于木叶来说，打急速战最好，一旦变成持久战，原有的优势就会消失。雾隐村也是知道这一点的，所以他们故意利用水之国分散的地形打游击战，想要拖到木叶的后备维持不住的时候。于是扉间想要用更多的忍者，在最短的时间内击败雾隐村。
在物资方面出现问题已经不是第一次了，在风之国就让宇智波系吃足了苦头，所以议员会内出现了“与火之国建立关系”的声音，但是因为宇智波系的反对，没有通过。的确有了国家的支持，打仗会方便很多，但是在逐渐的发展之中，木叶会变成火之国的工具，失去自主性，而这点是柯慎绝对不能忍受的。千手族是一直赞成成为火之国附属忍村的，由于这次宇智波的强硬态度造成了物资供应不足，两族之间的矛盾加重。柯慎并非不知道这一点，只是在这一点是他不会让步，并且如今他也抽不出空来解决内部问题。
作为替换伤员的替补队的一员，宇智波桃也上了风之国战场。她是上忍，又没有因为结婚而退役，所以在结束产假之后又回到了正规军之中，能到现在才上战场还是体谅朔茂年纪小的缘故。中忍就可以脱离原本的三人下忍小队了，所以小桃这种上忍是没有固定队伍的，柯慎干脆把她编到耀司缩在的队里面，反正耀司带的是五人的大组，多一个人也无所谓。
人员调配刚结束，砂隐村的攻击就来了。似乎是因为岩隐村的退意，他们开始着急了，似乎是想要快点结束战争，这正好称了木叶的心意。就在木叶打算一鼓作气击溃砂隐村的时候，被狠狠地摆了一道！砂隐村发觉了傀儡的实用性，组建了傀儡部队，这个奇特的组织让木叶吃尽了苦头。风之国的沙漠中有着丰富的有毒动物，所以砂忍擅长制毒，而木叶的医疗忍者却没有那样厉害的解毒能力，先不说行动诡异莫测的傀儡，就算是苦无也不是百分百可以躲过去的，而那些毒只要有一道口子也会流到身体里。
这些毒药对木叶忍者造成了很大的危害，如果不能及时分析研制出解药，人必死无疑。有人采取马上将中毒的部位割掉的方法保住命，但是这样就残疾了，无法继续留在战场上。原本砂隐村的傀儡师是散着的，力量还不大，但是当他们整合到一起之后，由于有妥善专门的行动方式，所以威胁增加。木叶的忍者损失了很多，而村子里已经派不出人来补充了，除此以外，柯慎几乎将可以调过来的医疗忍者都调过来了，但是并没有使得形势有太大的好转。
这让柯慎意识到了一件事，那就是这个世界的医疗水平实在太差了！村子里的医疗忍者是原本各族拥有的医疗忍者，还属于家族教育，并没有系统的培训方式。但是想要培养医疗忍者比想象中还要困难，这需要大量的资源、时间和毅力，而在战争时期，村子给不出那么多资源来培养医疗忍者，而大家族又不会无偿贡献出那么多药材、师资来训练外姓人，所以柯慎也只是想了一想，没有马上付出行动。
傀儡师的确难以对付，但是在几次交战之后就被分析出了弱点——傀儡师的本体普遍弱小。与医疗忍者一样，傀儡师也是忍者中的特别职业，需要用大量的时间去学习制作傀儡和毒药，同时学习傀儡术也是一件很耗费精力的事情，所以傀儡师没有时间去训练忍者的一般技能。所以对付傀儡师有两种方法：一是通过近战快速解决掉本体，二是通过远程强力忍术。柯慎对手下的命令是体术忍者对付傀儡师，因为除了柯慎这种程度的忍术型忍者，发出的忍术规模不足以一下子弄死傀儡师，万一被傀儡师躲开，然后让傀儡绕过来攻击，刚刚使用完忍术的忍者恐怕躲不开——傀儡的速度比绝大多数忍者都快。
这个决策让木叶的损失减少了很多，但还不是可以松一口气的时候。砂隐村想出了一种利用流沙杀人的方式——将木叶忍者引到流沙的范围内，但是这种方式只对下忍和部分中忍有用，因为对查克拉控制力强的忍者可以通过查克拉爆炸让自己冲出去，而且使用几次之后就不奏效了。柱间的木遁也派上了很大的用场，他简直是人形尾兽，查克拉量多的叫柯慎眼红！被树界降临缠进去的人十有八\九出不来，而且柱间的庞大查克拉量足以让他克服缺少水土而要付出更多查克拉的劣势。
柯慎习惯在后方指挥，所以直到现在都没有真正地上过战场，然而这一次却不得不上了，因为从木叶传来消息：一尾丢失了！被柯慎和柱间捕捉回来的九只尾兽是封印在容器里然后分别放在宇智波、千手族地里的，而一尾是在宇智波手里的，现在居然把尾兽给丢了，木叶内部是一阵大乱。可能盗取一尾的人选有好几个，但是在调查现场和分析现状之后，判断为砂隐村或者是岩隐村。在木叶的加急信送到风之国战场之前，柯慎就已经知道这点了，因为砂隐村使用了一尾守鹤。
一尾的能力在沙漠中放大了数倍，让没有准备的木叶忍者吃了大亏。柯慎面对着那张长长的牺牲名单眼睛都红了，当下亲自上了战场。但是似乎是因为柯慎曾经抓捕过一尾，所以有他在的地方就不会有一尾出现。柱间说了可以让他来捕捉，结果在他出场的时候，一尾也没有被放出来。于是这个抓回一尾的重担就落在了耀司的身上，为了避免无畏的损失，木叶没有采取在战场上抓捕一尾的方法，而是让耀司的小队单独出动，进行抓捕任务。
除了柯慎，没有人操控尾兽的例子，所以推断砂忍是将一尾的力量约束之后释放出来，使用完了之后再封印起来。如果是将封印卷轴偷回来的话，难度就降低很多了。本以为砂忍能够从宇智波族地偷出卷轴，耀司小组要得手应该也不难，没想到会发生那样的事情，一队七个人，最后回来的只有不到一半，牺牲的人里包括宇智波桃。唯一值得庆幸的是，一尾被成功地回收。牺牲的四个人的尸体没有能夺回，如果在大规模的战斗中，或许可以在清扫战场的时候将尸体拿回来，但如果是在任务中就一般拿不回来——实际上即使是拿回来了，能够运回村子的也是少数。战场上每天都死那么多人，就算是烧成骨灰运回来也是很麻烦的，只有一定身份的人才有可能被返回村子养伤的队伍带回去，除此以外就是有亲人同伴自愿的了。